El Colegio abre sus puertas en 1991 bajo el nombre de Instituto Secundario del Aconcagua, integran el primer año 27 alumnos. Se ofrece el título de Bachiller y un certificado de auxiliar en administración. Con la aprobación del plan 11/91 por parte del Ministerio de Cultura y Educación de la Nación, se solicita cambio de modalidad al plan Bachillerato con Capacitación Laboral en Auxiliar en Administración.
En setiembre de 1991 se recibe la visita de autoridades de la Superintendencia Nacional de Educación Privada las que inspeccionan y luego aprueban la apertura del Colegio y reconocimiento de primer año según Disposición Nº 932.
Con el traspaso de los servicios educativos al ámbito provincial el Colegio pasa a depender de la Dirección General de Escuelas en 1992. (Ley 24049)
Durante 1994 se comienzan los trámites para solicitar a las autoridades Nacionales que permitan el funcionamiento del Colegio bajo en ámbito de la Universidad del Aconcagua.
En diciembre de 1995 egresa la primera promoción, constituida por ocho Bachilleres. Es en junio de 1996 que por Resolución Nº 256 del Ministerio de Cultura y Educación de la Nación, se obtiene la “autorización de funcionamiento del Instituto Secundario del Aconcagua dependiente de la Universidad del Aconcagua”
Desde febrero de 1997 y por Resolución Nº 06 de Consejo Superior de la Universidad del Aconcagua se designa al “Instituto Secundario del Aconcagua”, “Colegio Universitario del Aconcagua”.
En marzo de 1998 se abre séptimo año EGB 3, concluyéndose la conformación final según la Ley Federal de Educación en el año 2003.
Por Resolución Nº 0116, del 12 de junio de 2007, El Consejo Superior de la Universidad del Aconcagua adopta la adecuación académica del CUDA a la nueva estructura establecida en la Ley de Educación Nacional (LEN) Nº 26.206, volviendo de este modo al sistema de secundario previo a la Ley Federal, aunque respetando las orientaciones tradicionales del colegio, de acuerdo al art.134 de la nueva Ley, con un ciclo básico de tres años y un ciclo de dos años con una orientación: Humanidades y Ciencias Sociales.
A partir del año 2016, el Colegio adopta la utilización de las Tecnologías de la Información y las Comunicaciones en el aula (TICs) debido a que hoy se han transformado en un importante recurso pedagógico.
Siguiendo el ritmo de los continuos avances científicos y en un marco de globalización económica y cultural, las TICs contribuyen a las continuas transformaciones en nuestra estructura económica, social y cultural e incidiendo en casi todos los aspectos de nuestra vida; como por ejemplo el acceso al mercado laboral, la manera de percibir la realidad y de pensar, la forma de comunicación interpersonal, la calidad de vida y la educación.
Como vemos, su gran impacto en todos los ámbitos, hace que cada vez sea más difícil que se pueda actuar eficientemente prescindiendo de ellas y es por ello que desde esta institución innovamos en su incorporación a las estrategias de enseñanza y el desempeño del Colegio en general. En lo humano: ser hombres y mujeres de bien, con profundo sentido de trascendencia, con sensibilidad social y capacidad de considerar su ejercicio profesional como servicio a la ser humano. Hombre y mujeres que vivan equilibradamente sus derechos y deberes, y que asuman la vida y sus responsabilidades con verdadero espíritu crítico.