La Facultad de Ciencias Médicas desarrolla su propio sistema de investigación sin que ello implique abandonar los mecanismos de cooperación interinstitucional, los dos pilares que sustentan la investigación son: el Instituto de Investigaciones de la Facultad de Ciencias Médicas y el Consejo de Investigaciones de la Universidad del Aconcagua. Complementariamente a éstas, se promueve una relación estrecha y colaborativa con la Agencia Nacional del Instituto de Investigaciones, se insertan los investigadores de carrera y los becarios propios de Ciencias Médicas, quienes desarrollan sus tareas en el marco de las líneas de investigación aprobadas por una resolución del año 2005. Su Director a / c Dr. Claudio Fader.
Que por Resolución Nº 149-23-FCM se aprobó el reglamento del Instituto de investigaciones de la Facultad.